どのような構成になっているのかこちらからでは見えないので、自分が構成時に気を付けていることでも書こうと思います。
機械側の設定
・出力側、入力側共に使用面の設定が適切かどうか？
液体導管の設定
・接続がちゃんとされているかどうか？別種の導管が混ざっていないか？
・Tree Fluid Extractorの接続部で、出力のみがonになっているか？レッドストーン信号設定は適切か？
・Latex Processing Unitの接続部で、入力がoffになっていないか？
設定に問題がなければ、下図の様に液体導管内にlatexの液体が流れ、ミスがあるなら視覚的にも確認できると思います。
設置済みのタンクからの輸送ができているのなら、タンクとExtractorを入れ替えるだけでも成功するような気もしますが…
水源ですが、１ブロックのものであればNuclearCraftにInfinite Water Sourceはありますが生成量が少量であり、
他Modであれば各種ポンプがあるのですが設定が煩雑だったり、汲み上げに別途動力が必要だったり、
エンダーバータンクの方が使い勝手が良かったと思います。
比較して同等程度と思えたのはサーマルエキスパンションの水生成機位でしょうか。
どうしても邪魔と思うのなら地下に埋めても稼働しますので、そのように外から見えなくすることも可能ではあります。
